iconvコマンドを使えば一発。
日本語環境でよくあるパターンとして、SJIS(SHIFT-JIS)からUTF-8に変換するなら、
iconv -c-f SHIFT-JIS -t UTF-8 [ファイル名]
反対に、UTF-8からSJIS(SHIFT-JIS)に変換するなら、
iconv -c -f UTF-8 -t SHIFT-JIS [ファイル名]
オプションに-cをつけるのがオススメ。これをつけると、変換できない箇所はスキップしてくれる。(つけないとエラーで途中で止まってしまう)
指定できる文字コード名は、iconv -lで確認できる。